La relación del gobierno autodenominado chavista con El Salvador tardó en afianzarse debido a que, de los 13 años de gestión de Hugo Chávez, 10 y medio coincidieron con el gobierno de la derechista Alianza Republicana Nacionalista (ARENA) en El Salvador, organización ideológicamente contrapuesta a la llamada revolución.
A partir de 1998 se crea un programa de becas dirigidas a jóvenes salvadoreños para estudiar medicina en Venezuela. Aunque de forma temprana Hugo Chávez visitó El Salvador en noviembre de 2000 -con menos de un año de haber asumido la presidencia en Venezuela- la relación no prosperaría entre presidentes.
Las divergencias ideológicas entre la salvadoreña ARENA y el chavismo, la influencia de los Estados Unidos en Centroamérica, la correspondiente afinidad de la entonces administración Bush con el gobierno salvadoreño y el reconocimiento del presidente Francisco Flores al breve gobierno de Pedro Carmona Estanga en Venezuela, en abril de 2002, permitieron el distanciamiento entre Chávez y las autoridades de El Salvador.
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